เมโทรนิดาโซลถูกใช้เป็นยาปฏิชีวนะและยาต้านปรสิตที่มีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อที่เกิดจากแบคทีเรียและโปรโตซัวที่ไม่ใช้ออกซิเจน โดยมักใช้รักษาการติดเชื้อในช่องคลอด เช่น ช่องคลอดอักเสบจากเชื้อแบคทีเรีย (Bacterial vaginosis) และโรคทริโคโมแนส (Trichomoniasis) นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร เช่น โรคบิดมีตัว (Amoebiasis) และการติดเชื้อในช่องท้องที่เกิดจากแบคทีเรียที่ไม่ใช้ออกซิเจน เมโทรนิดาโซลยังมีบทบาทสำคัญในการรักษาการติดเชื้อในช่องปากและฟัน เช่น โรคเหงือกอักเสบ (Periodontitis) และการติดเชื้อหลังการผ่าตัดฟัน ในบางกรณียังใช้เพื่อป้องกันการติดเชื้อหลังการผ่าตัดลำไส้หรือการผ่าตัดทางนรีเวช การใช้เมโทรนิดาโซลควรอยู่ภายใต้คำแนะนำของแพทย์ เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียง เช่น คลื่นไส้ ปวดศีรษะ และการรับรสผิดปกติ นอกจากนี้ควรหลีกเลี่ยงการดื่มแอลกอฮอล์ขณะใช้ยานี้ เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์