ไฮดรอกซีคลอโรควิน ซัลเฟต ถูกใช้เป็นยารักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะในกรณีที่เกิดจาก Plasmodium vivax, Plasmodium malariae, Plasmodium ovale และสายพันธุ์ที่ไวต่อยาของ Plasmodium falciparum นอกจากนี้ยังใช้ในการป้องกันโรคมาลาเรียสำหรับผู้เดินทางไปยังพื้นที่ระบาด นอกเหนือจากคุณสมบัติต้านมาลาเรียแล้ว ยังถูกสั่งใช้อย่างแพร่หลายสำหรับโรคภูมิต้านตนเอง เช่น โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์และ systemic lupus erythematosus โดยช่วยลดการอักเสบและปรับการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกัน นอกจากนี้ยังมีการศึกษาถึงผลกระทบต้านไวรัสที่อาจเกิดขึ้น แม้ว่าประสิทธิภาพในด้านนี้ยังคงเป็นที่ถกเถียงและอยู่ภายใต้การวิจัยที่กำลังดำเนินอยู่ ควรใช้ภายใต้คำแนะนำของแพทย์เท่านั้น เพื่อหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น