น้ำยาแมกนีเซียมเมทอกไซด์ใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตไบโอดีเซล ซึ่งช่วยอำนวยกระบวนการทรานส์เอสเทอร์ริฟิเคชัน โดยไตรกลีเซอไรด์ทำปฏิกิริยากับเมทานอลเพื่อให้เกิดเอสเตอร์เมทิลของกรดไขมัน (ไบโอดีเซล) และกลีเซอรอล ประสิทธิภาพการเร่งปฏิกิริยาสูงและสามารถทำงานในสภาวะอ่อนโยนทำให้เป็นตัวเลือกที่นิยมในอุตสาหกรรม

ในเคมีโพลิเมอร์ น้ำยานี้ทำหน้าที่เป็นตัวเริ่มปฏิกิริยาการเกิดโพลิเมอร์หรือตัวร่วมเร่งปฏิกิริยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์โพลีโอเลฟินและโพลิเมอร์พิเศษอื่นๆ ช่วยควบคุมน้ำหนักโมเลกุลและโครงสร้างของโพลิเมอร์ เพิ่มคุณสมบัติเชิงกลและความร้อน

นอกจากนี้ ยังใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) และสารกลาง คุณสมบัติเป็นเบสที่แรงทำให้มีประโยชน์ในการทำปฏิกิริยาเดพรอตอนและการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน

ในวิทยาศาสตร์วัสดุ น้ำยาแมกนีเซียมเมทอกไซด์ใช้ในการผลิตอนุภาคนาโนแมกนีเซียมออกไซด์ (MgO) ซึ่งมี ứng dụng ในตัวเร่งปฏิกิริยา อิเล็กทรอนิกส์ และการแก้ไขสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นสำหรับสารเคลือบและฟิล์มบางในวัสดุขั้นสูง