มาเลคไชน์กรีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเป็นสารต้านเชื้อราและต้านปรสิตเพื่อรักษาการติดเชื้อในปลา ไข่ปลา และกุ้ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อราเช่น saprolegniasis และปรสิตเช่น ichthyophthiriasis ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ใช้เป็นสีย้อมสำหรับผ้าไหม ขนสัตว์ และหนัง เพื่อให้ได้สีเขียวสดใส นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสีย้อมทางชีวภาพในกล้องจุลทรรศน์เพื่อเพิ่มความชัดเจนของโครงสร้างเซลล์ อย่างไรก็ตาม การใช้ถูกจำกัดในหลายประเทศเนื่องจากความเสี่ยงต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อม