N-Acetyl Sulfamethoxazole ใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางในการสังเคราะห์ซัลฟาเมทอกซาโซล ซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะ มีบทบาทสำคัญในการผลิตยารักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะเมื่อใช้ร่วมกับไตรเมโธพริมสำหรับรักษาการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ หลอดลมอักเสบ และปอดบวมจาก pneumocystis pneumonia รูปแบบอะซีติเลตช่วยเพิ่มความเสถียรและอำนวยความสะดวกในการปล่อยยาแบบควบคุมในสูตรยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการเผาผลาญยาและกลไกการดื้อยาต้านจุลินทรีย์