อะโมกซิซิลลินเป็นยาปฏิชีวนะที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ เช่น ปอดบวมและหลอดลมอักเสบ รวมถึงการติดเชื้อในหู จมูก และคอ เช่น ไซนัสอักเสบและหูชั้นกลางอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้รักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ การติดเชื้อที่ผิวหนัง และการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหารบางชนิดที่เกิดจาก Helicobacter pylori มักใช้ร่วมกับยาอื่นๆ ยังใช้ในการป้องกันการติดเชื้อในขั้นตอนการรักษาทางทันตกรรม และในบางกรณีใช้รักษาโรค Lyme ประสิทธิภาพแบบ broad-spectrum ทำให้เป็นตัวเลือกที่นิยมสำหรับผู้ใหญ่และเด็ก