คลินดามัยซินฟอสเฟตใช้กันอย่างแพร่หลายในวงการแพทย์ในฐานะยาปฏิชีวนะสำหรับรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียต่างๆ มีประสิทธิภาพสูงโดยเฉพาะต่อแบคทีเรียที่ไม่ใช้ออกซิเจน และมักถูกสั่งใช้สำหรับการติดเชื้อที่ผิวหนัง ระบบทางเดินหายใจ และเนื้อเยื่ออ่อน ในด้านผิวหนัง มักถูกปรุงเป็นสารละลาย เจล หรือโลชั่นสำหรับทาเพื่อรักษาสิวโดยลดการอักเสบและยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่ก่อให้เกิดสิว นอกจากนี้ยังใช้ในรูปแบบยาใส่ช่องคลอดเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในช่องคลอด ความสามารถในการซึมผ่านเนื้อเยื่อและสะสมในฝีหนองทำให้เป็นตัวเลือกที่มีคุณค่าในการรักษาการติดเชื้อรุนแรง รวมถึงที่เกิดจากสแตปฟิโลคอคคัส ออเรอุสที่ดื้อยาเมทิซิลลิน (MRSA) ยังใช้ในการติดเชื้อในช่องปากและเป็นยาป้องกันในการผ่าตัดเพื่อป้องกันการติดเชื้อหลังผ่าตัด