คริสตัลไวโอเลตถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในจุลชีววิทยาในฐานะสารย้อมสีในขั้นตอนการย้อมสีแกรม ซึ่งช่วยแยกแยะชนิดของแบคทีเรียเป็นกลุ่มแกรมบวกและแกรมลบ มันจับกับชั้นเปปไทโดไกลแคนในผนังเซลล์แบคทีเรีย ช่วยในการระบุตัวตนภายใต้กล้องจุลทรรศน์

ในด้านฮิสโตโลจี มันทำหน้าที่เป็นสีย้อมเพื่อย้อมเนื้อเยื่อและเซลล์ เพิ่มความชัดเจนของโครงสร้างเฉพาะในการตรวจสอบด้วยกล้องจุลทรรศน์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการเน้นนิวเคลียสและส่วนประกอบเซลล์อื่นๆ

สีย้อมนี้ยังถูกใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอสำหรับย้อมสีผ้า ให้สีม่วงเข้ม นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการผลิตหมึกและปากกาเนื่องจากสีสันสดใส

ในการแพทย์และสัตวศาสตร์ คริสตัลไวโอเลตถูกใช้เป็นสารฆ่าเชื้อและยาต้านเชื้อราในการรักษาการติดเชื้อผิวหนังเล็กน้อย แผล และภาวะเชื้อราเช่นเท้าเปื่อย

นอกจากนี้ยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเป็นตัวบ่งชี้ pH โดยเปลี่ยนสีตอบสนองต่อระดับความเป็นกรดหรือด่างในสารละลาย ความหลากหลายทำให้เป็นสารประกอบที่มีคุณค่าข้ามสาขาต่างๆ

ในด้านการเกษตร มันถูกใช้เป็นสารป้องกันเชื้อราเพื่อปกป้องพืชจากโรคที่เกิดจากเชื้อรา