นีโตรฟูแรนโตอินใช้หลักในการรักษาการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ (UTIs) ที่เกิดจากแบคทีเรียที่ไวต่อยา โดยยาจะยับยั้งเอนไซม์ของแบคทีเรียและการสังเคราะห์ DNA ทำให้หยุดการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในระบบทางเดินปัสสาวะได้อย่างมีประสิทธิภาพ ยามีประสิทธิภาพสูงต่อ Escherichia coli, Enterococcus, Staphylococcus aureus และสายพันธุ์บางชนิดของ Klebsiella และ Enterobacter เนื่องจากยาจะสะสมเฉพาะในปัสสาวะ จึงไม่เหมาะสำหรับการติดเชื้อทั่วร่างกายนอกระบบทางเดินปัสสาวะ มักสั่งจ่ายสำหรับ UTIs ระดับล่างที่ไม่ซับซ้อนเฉียบพลัน และบางครั้งใช้ป้องกันการติดเชื้อซ้ำในระยะยาว อย่างไรก็ตาม ไม่เหมาะสำหรับผู้ป่วยที่มีการทำงานของไตบกพร่องรุนแรง เนื่องจากยาพึ่งพาการขับถ่ายทางไตในการออกฤทธิ์ ผลข้างเคียงทั่วไป ได้แก่ คลื่นไส้ ปวดศีรษะ และในกรณีหายากอาจเกิดปฏิกิริยาปอดหรือตับ มีทั้งรูปแบบปล่อยยาเร่งด่วนและแบบผลึกขนาดใหญ่ โดยแบบหลังทำให้เกิดผลข้างเคียงทางเดินอาหารน้อยกว่า