เอนโรฟลอกซาซินถูกใช้อย่างแพร่หลายในวงการสัตวแพทย์เป็นยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์ มันมีประสิทธิภาพต่อแบคทีเรียชนิดกว้าง รวมถึงทั้งแกรมบวกและแกรมลบ ใช้กันทั่วไปในปศุสัตว์ สัตว์ปีก และสัตว์เลี้ยง ช่วยรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ ทางเดินปัสสาวะ ผิวหนัง และทางเดินอาหาร ในวงการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ใช้ควบคุมโรคแบคทีเรียในปลาและสัตว์น้ำอื่นๆ เอนโรฟลอกซาซินมักให้ทางปาก ฉีด หรือเติมในน้ำสำหรับสัตว์น้ำ ทำให้ดูดซึมและกระจายในร่างกายอย่างรวดเร็ว การใช้ช่วยปรับปรุงสุขภาพและผลผลิตของสัตว์ แต่ต้องจัดการอย่างระมัดระวังเพื่อหลีกเลี่ยงการพัฒนาการดื้อยาของยาปฏิชีวนะ