แอมโฟเทอริซิน บี ใช้หลักในการรักษาการติดเชื้อราแบบรุนแรงและเป็นอันตรายถึงชีวิต โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยโรคเอดส์ หรือผู้ที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ มักใช้รักษาการติดเชื้อราที่เกิดจาก Candida, Aspergillus และ Cryptococcus นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาโรคเลชมาเนียสิส (Leishmaniasis) ซึ่งเกิดจากปรสิตในบางกรณี แม้ว่าจะมีผลข้างเคียงที่รุนแรง เช่น การทำลายไต แต่ประสิทธิภาพในการกำจัดเชื้อราทำให้ยังคงเป็นยาที่สำคัญในทางการแพทย์