ไฮโดรคลอไรด์คาซูกามัยซินใช้กันอย่างแพร่หลายในเกษตรกรรมในฐานะสารฆ่าเชื้อแบคทีเรียและเชื้อราที่มีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพต่อโรคที่เกิดจากแบคทีเรียและเชื้อราในพืชผล เช่น ข้าว ผลไม้ และผัก สารเคมีนี้ทำงานโดยยับยั้งการสังเคราะห์โปรตีนในพาธาเจน จึงป้องกันการแพร่กระจายของการติดเชื้อ มักใช้เป็นสเปรย์ทางใบเพื่อปกป้องพืชจากโรค เช่น โรคใบไหม้ข้าวและโรคใบจุดแบคทีเรีย เนื่องจากมีพิษต่ำต่อมนุษย์และสัตว์ จึงถือเป็นตัวเลือกที่ปลอดภัยกว่าสำหรับการจัดการโรคในระบบควบคุมศัตรูพืชแบบผสมผสาน นอกจากนี้ ยังใช้ในบางภูมิภาคเพื่อต่อสู้กับสายพันธุ์พาธาเจนของพืชที่ดื้อยาปฏิชีวนะ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในแนวปฏิบัติเกษตรกรรมที่ยั่งยืน