ซูดาน III ถูกใช้อย่างแพร่หลายในห้องปฏิบัติการทางเคมีและชีววิทยาเพื่อการย้อมสี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการตรวจสอบไขมันและน้ำมัน มันสามารถย้อมสีไขมันให้เป็นสีแดงหรือส้ม ช่วยให้สามารถมองเห็นและวิเคราะห์ตัวอย่างไขมันได้ง่ายขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเพื่อตรวจสอบการปนเปื้อนของไขมันในผลิตภัณฑ์บางชนิด ในด้านการแพทย์ ซูดาน III อาจถูกใช้ในการศึกษาและวิจัยเกี่ยวกับการสะสมของไขมันในเซลล์และเนื้อเยื่อ ทำให้เป็นสารสำคัญในการศึกษาความผิดปกติทางเมตาบอลิซึม