ฟลูออกซิทีน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาภาวะซึมเศร้า (Major Depressive Disorder) โดยช่วยปรับสมดุลระดับเซโรโทนินในสมองเพื่อปรับปรุงอารมณ์และความมั่นคงทางอารมณ์ นอกจากนี้ยังสั่งจ่ายสำหรับโรคย้ำคิดย้ำทำ (Obsessive-Compulsive Disorder: OCD) เพื่อลดความคิดที่ไม่ต้องการและพฤติกรรมซ้ำๆ ที่ไม่พึงประสงค์ นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการจัดการโรคแพนิค (Panic Disorder) โดยลดความถี่และความรุนแรงของอาการแพนิค สำหรับบุคคลที่มีโรคบูลิเมีย นูโวซา (Bulimia Nervosa) มันช่วยลดวงจรการกินเกินและการกำจัด บางครั้งใช้รักษาภาวะผิดปกติทางอารมณ์ก่อนมีประจำเดือน (Premenstrual Dysphoric Disorder: PMDD) เพื่อบรรเทาอาการเช่น อารมณ์หงุดหงิด อารมณ์แปรปรวน และอาการบวม การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงกรณีบางอย่างของโรคความวิตกกังวล (Anxiety Disorders) โดยให้ความโล่งใจจากความกังวลเกินควรและความตึงเครียด