กรดไตรฟลูออโรแอซีติก (TFA) ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาและตัวทำละลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยมีประสิทธิภาพสูงในการทำปฏิกิริยาเดพรอเทคชัน เช่น การกำจัดกลุ่มป้องกัน tert-butyloxycarbonyl (Boc) และ tert-butyl ester ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์และนิวคลีโอไทด์ เนื่องจากมีกรดแรงและระเหยง่าย จึงสามารถกำจัดออกได้ง่ายหลังปฏิกิริยาสิ้นสุด ทำให้เหมาะสำหรับกระบวนการทำให้บริสุทธิ์

มันทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการเอสเทอร์ification, acylations และ polymerization ในโครมาโตกราฟี โดยเฉพาะ HPLC TFA ถูกใช้บ่อยเป็นสารจับคู่อิออนในเฟสเคลื่อนที่เพื่อปรับปรุงการแยกสารประกอบที่มีขั้วและสารประกอบเบส

TFA ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตยาเกษตรเคมี สารเคมีเกษตร และผลึกเหลว โดยช่วยในการสังเคราะห์สารประกอบฟลูออรีนที่มีความเสถียรและ bioavailability ที่เพิ่มขึ้น ความสามารถในการทำให้ตัวกลางปฏิกิริยาที่ทำปฏิกิริยาได้เสถียรทำให้มีคุณค่าต่อการเตรียมสารเคมีพิเศษและบล็อกตัวสร้างฟลูออรีน