ใช้เป็นยาปฏิชีวนะชนิดหนึ่งที่ออกฤทธิ์ต่อแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบ โดยเฉพาะในระบบทางเดินอาหาร เนื่องจากซัลฟาควานิดีนดูดซึมเข้าสู่ร่างกายน้อย จึงมีความเข้มข้นสูงในลำไส้ ทำให้เหมาะสำหรับการรักษาอาการท้องร่วงจากแบคทีเรีย เช่น ชิเกลลา หรืออหิวาห์ ใช้ในการควบคุมการติดเชื้อในลำไส้และป้องกันภาวะแทรกซ้อนจากเชื้อแบคทีเรียในผู้ป่วยที่มีปัญหาทางเดินอาหาร มักใช้ในรูปแบบเม็ดหรือผงสำหรับรับประทาน และอาจใช้ร่วมกับยาอื่นเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา