ควินโทซีนถูกใช้เป็นสารฆ่าเชื้อราในเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการป้องกันโรคเน่าของเมล็ดพันธุ์และโรคจากเชื้อราในพืช เช่น โรคเน่าดำในหัวมันฝรั่ง หรือโรคโคนเน่าในพืชผักหลายชนิด นิยมใช้เคลือบเมล็ดพันธุ์ก่อนการเพาะปลูกเพื่อป้องกันการติดเชื้อในระยะเริ่มต้นของการงอก นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาไม้ให้ทนต่อเชื้อราและเชื้อราไม้ผุ โดยเฉพาะไม้ที่ใช้ในงานก่อสร้างหรืองานกลางแจ้ง อย่างไรก็ตาม การใช้ควินโทซีนถูกระงับหรือจำกัดในหลายประเทศเนื่องจากมีความเป็นพิษต่อสิ่งแวดล้อมและอาจสะสมในดินและห่วงโซ่อาหาร