ใช้หลักในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อโปรโตซัว โดยเฉพาะมาลาเรียและทอกโซพลาสโมซิส ทำงานโดยยับยั้งไดไฮโดรโฟเลตเรดักเตส ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่จำเป็นสำหรับการสังเคราะห์ดีเอ็นเอของปรสิต มักใช้ร่วมกับซัลฟาดอกซีนหรือซัลโฟนาไมด์อื่นๆ สำหรับการรักษามาลาเรียเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและชะลอการดื้อยา

ในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ติดเชื้อเอชไอวี/เอดส์ ใช้ร่วมกับซัลฟาไดอะซีนและโฟลินิกแอซิดในการจัดการทอกโซพลาสโมซิสที่คล่องแคล่ว นอกจากนี้ยังใช้ในสัตวแพทย์ศาสตร์สำหรับป้องกันและรักษาโรคค็อกซิเดียซิสในสัตว์

เนื่องจากมีฤทธิ์ยับยั้งโฟเลต จึงต้องเฝ้าระวังอย่างใกล้ชิดเพื่อหลีกเลี่ยงการกดการสร้างเม็ดเลือดในไขกระดูกและผลข้างเคียงทางโลหิตวิทยาอื่นๆ

มีการใช้ในบางกรณีเพื่อป้องกันมาลาเรียในผู้เดินทางไปพื้นที่ระบาด แต่ไม่ใช่ทางเลือกแรกเนื่องจากปัญหาดื้อยา ในทอกโซพลาสโมซิส อาจใช้ทางเลือกอื่น เช่น ร่วมกับคลินดามัยซินหรือสไปรามิซิน หากมีข้อห้ามใช้ซัลโฟนาไมด์