สารมาตรฐานฟีแนนทรีนถูกใช้เป็นตัวอ้างอิงในการวิเคราะห์ปริมาณสารปนเปื้อนในสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะในงานตรวจสอบน้ำ ดิน และตะกอนที่มีการปนเปื้อนจากสารประกอบโพลีไซคลิกอะโรมาติกไฮโดรคาร์บอน (PAHs) ซึ่งมีความเป็นพิษและอาจก่อมะเร็ง สารนี้จึงใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อสอบเทียบเครื่องมือวิเคราะห์ เช่น เครื่องโครมาโตกราฟีของเหลวประสิทธิภาพสูง (HPLC) หรือแก๊สโครมาโตกราฟี (GC) เพื่อให้ได้ผลการวิเคราะห์ที่แม่นยำและเชื่อถือได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยด้านพิษวิทยาและนิเวศวิทยาเพื่อศึกษาพฤติกรรมและผลกระทบของฟีแนนทรีนต่อสิ่งมีชีวิตในระบบนิเวศ