สารมาตรฐานฟีแนนทรีนถูกใช้เป็นตัวอ้างอิงในการวิเคราะห์ปริมาณสารปนเปื้อนในสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะในตัวอย่างน้ำ ดิน และตะกอน ซึ่งอาจมีสารโพลีไซคลิกอะโรมาติกไฮโดรคาร์บอน (PAHs) ปนเปื้อนอยู่ ฟีแนนทรีนเป็นหนึ่งใน PAHs ที่นิยมใช้เป็นตัวชี้วัดการปนเปื้อนจากกิจกรรมของมนุษย์ เช่น การเผาไหม้ไม่สมบูรณ์ของเชื้อเพลิงฟอสซิล หรือของเสียอุตสาหกรรม ในห้องปฏิบัติการ สารมาตรฐานนี้ใช้ในการสอบเทียบเครื่องมือวิเคราะห์ เช่น เครื่องโครมาโทกราฟี (GC-MS หรือ HPLC) เพื่อให้มั่นใจว่าผลการวิเคราะห์มีความแม่นยำและเชื่อถือได้ ช่วยให้สามารถระบุและวัดปริมาณฟีแนนทรีนในตัวอย่างจริงได้อย่างถูกต้อง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านพิษวิทยาและนิเวศพิษภัย เพื่อศึกษาผลกระทบของฟีแนนทรีนต่อสิ่งมีชีวิตในระบบนิเวศ และประเมินความเสี่ยงต่อสุขภาพของมนุษย์จากการสัมผัสสารนี้ในระยะยาว