เมเบนดาโซลใช้เป็นยาต้านพยาธิชนิดหนึ่งที่มีประสิทธิภาพสูงในการรักษาการติดเชื้อพยาธิในลำไส้ เช่น พยาธิเส้นด้าย พยาธิฝอย พยาธิแอนซิสโตมา พยาธิไส้เดือน และพยาธิอะซคาเรียส ยาออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการดูดซึมกลูโคสของพยาธิ ทำให้พยาธิไม่สามารถสร้างพลังงานได้และตายลงในที่สุด เมเบนดาโซลสามารถใช้รักษาพยาธิหลายชนิดพร้อมกันได้ในผู้ป่วยที่มีการติดเชื้อซ้ำซ้อน และมักใช้ในโครงการควบคุมพยาธิในชุมชน โดยเฉพาะในเด็กที่อาศัยในพื้นที่ที่มีความเสี่ยงสูง นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาพยาธิแคระในรูปแบบที่รุนแรง เช่น ไฮดัติด์ซิสต์จากพยาธิอีคิโนคอกคัส หรือโรคพยาธิในเนื้อเยื่อ (tissue nematode infections) ในบางกรณี ยาเมเบนดาโซลมีรูปแบบเม็ดที่รับประทานได้ง่าย ราคาไม่สูง และมีความปลอดภัยสูงเมื่อใช้ตามขนาดที่กำหนด จึงเป็นหนึ่งในยาที่องค์การอนามัยโลกแนะนำให้ใช้ในระบบสาธารณสุข