เมทรอนิดาโซลเป็นสารที่ใช้ในการรักษาการติดเชื้อจากจุลชีพที่ไม่ต้องการออกซิเจน เช่น แบคทีเรียแอนแอโรบิก และโปรโตซัว โดยมักใช้รักษาโรคติดเชื้อในช่องท้อง ระบบสืบพันธุ์ ผิวหนัง และช่องปากที่เกิดจากแบคทีเรียแอนแอโรบิก นอกจากนี้ยังใช้รักษาโรคอหิวาต์ในลำไส้ โรคเหงือกอักเสบ และโรคติดเชื้อในช่องคลอดจากไตรโคโมแนส ยานี้สามารถรับประทาน ฉีด หรือใช้ภายนอกเป็นครีมหรือเจลได้ ขึ้นอยู่กับลักษณะของการติดเชื้อ