เฮกซะเดแคนถูกใช้เป็นตัวทำละลายแบบไม่ละลายน้ำ (non-polar solvent) ในอุตสาหกรรมเคมี โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อินทรีย์และการสกัดสาร และเป็นส่วนประกอบในเชื้อเพลิงสำหรับเครื่องยนต์ โดยเฉพาะในเชื้อเพลิงดีเซล เนื่องจากเป็นสารอ้างอิงสำหรับค่าเซตเทน (cetane number) 100 ซึ่งช่วยในการประเมินสมรรถนะของเชื้อเพลิง นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานในการวิเคราะห์แก๊สโครมาโตกราฟีสำหรับสารไฮโดรคาร์บอนในห้องปฏิบัติการ มีการใช้งานในงานวิจัยด้านพลังงานและวัสดุ เช่น การศึกษาการเผาไหม้และการแยกสารในระบบต่าง ๆ รวมถึงใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลผิวในรูปของของเหลวใสที่ไม่มีสีและไม่มีกลิ่น ซึ่งช่วยเพิ่มความชุ่มชื้นและสร้างฟิล์มป้องกันบนผิวหนัง นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาด้านสิ่งแวดล้อมเพื่อจำลองการรั่วไหลของน้ำมันและประเมินการย่อยสลายทางชีวภาพของอัลเคนในดินและน้ำ