กรดเฮกซาโนอิกถูกใช้เป็นส่วนผสมในการผลิตสารปรุงแต่งกลิ่นและรส โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่ม เนื่องจากมีกลิ่นคล้ายเนยหรือชีส จึงนิยมใช้ในการสร้างกลิ่นเทียม เช่น กลิ่นผลไม้หรือของหวาน นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเครื่องสำอางและน้ำหอมเพื่อเพิ่มความลึกของกลิ่น ในอุตสาหกรรมเคมี กรดเฮกซาโนอิกเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เอสเทอร์และเกลือ ซึ่งนำไปใช้ในผลิตภัณฑ์ต่างๆ เช่น น้ำมันหล่อลื่น พลาสติก และสารเคลือบผิว ยังมีการใช้ในเกษตรกรรมเป็นสารช่วยกระจายตัวของสารกำจัดศัตรูพืช และบางครั้งใช้เป็นสารกันเสียในระดับเล็กน้อยเนื่องจากมีคุณสมบัติต้านจุลชีพ