กรดเฮกซาโนอิกถูกใช้ในหลากหลายอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมอาหารและน้ำหอม เนื่องจากมีกลิ่นเฉพาะตัวที่คล้ายเนยหืนหรือชีส มันจึงถูกใช้เป็นสารแต่งกลิ่นในอาหารบางชนิด เช่น ผลิตภัณฑ์จากนมและขนมหวาน นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตเอสเทอร์ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญในน้ำหอมและเครื่องสำอาง ในอุตสาหกรรมเคมี กรดเฮกซาโนอิกใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่น ๆ เช่น ยาฆ่าเชื้อ สารเคลือบผิว และพลาสติกบางชนิด ยังมีการใช้ในกระบวนการเกษตรเพื่อควบคุมเชื้อราและแบคทีเรียในพืช โดยเฉพาะในระบบการเพาะปลูกอินทรีย์ นอกจากนี้ยังพบว่ากรดเฮกซาโนอิกมีบทบาทในทางชีวภาพ เช่น การสื่อสารระหว่างสิ่งมีชีวิตบางชนิด และการดึงดูดแมลงผสมเกสรในพืชบางชนิด