ดิจิทอกซิเจนิน ถูกใช้เป็นสารติดฉลากทางชีววิทยา โดยเฉพาะในการตรวจจับดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอในเทคนิคต่างๆ เช่น การไฮบริดไรเซชันในที่ตั้ง (in situ hybridization) และการตรวจแบบเบล็อตติ้ง (เช่น Southern blot หรือ Northern blot) ซึ่งช่วยให้สามารถมองเห็นลำดับนิวคลีโอไทด์เฉพาะเจาะจงได้ สารนี้สามารถผูกตัวกับโปรตีนแอนติบอดีที่จับกับเอนไซม์ เช่น ไพโรซิเดส เพอออกซิเดส ทำให้เกิดสัญญาณที่มองเห็นได้เมื่อเติมสารตั้งต้น จึงเหมาะสำหรับการตรวจจับที่มีความไวสูงและเฉพาะเจาะจง โดยไม่จำเป็นต้องใช้สารกัมมันตรังสี นอกจากนี้ ดิจิทอกซิเจนินยังถูกใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล การพัฒนาชุดตรวจวินิจฉัย และการศึกษาการแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อต่างๆ