ใช้คริสตัลไวโอเลตในด้านต่าง ๆ หลายประการ โดยเฉพาะในทางการแพทย์และอุตสาหกรรม ใช้เป็นสีย้อมในห้องปฏิบัติการเพื่อการย้อมแบคทีเรีย โดยเฉพาะในการย้อมแกรม (Gram staining) ซึ่งช่วยแยกแยะแบคทีเรียเป็นกลุ่มแกรมบวกและแกรมลบ นอกจากนี้ยังมีคุณสมบัติต้านเชื้อแบคทีเรียและเชื้อรา จึงถูกใช้ในยาฆ่าเชื้อสำหรับแผลติดเชื้อ หรือในสัตว์น้ำเพื่อรักษาโรคเชื้อราในปลา แต่เนื่องจากมีความเป็นพิษและอาจก่อมะเร็ง จึงมีการควบคุมการใช้งานอย่างเข้มงวด โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์ที่สัมผัสกับมนุษย์โดยตรง ในอุตสาหกรรม สีย้อมนี้ใช้ในการย้อมผ้า กระดาษ และพลาสติก รวมถึงใช้ในหมึกพิมพ์และดินสอ สี นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยา เช่น การติดตามการไหลของของเหลวหรือการศึกษาการแพร่ของสารในเนื้อเยื่อ