คริสตัลไวโอเลตถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมสีม่วงในอุตสาหกรรมสิ่งทอและกระดาษสำหรับการย้อมสี ใช้บ่อยในจุลชีววิทยาเป็นสารย้อมหลักในวิธีการย้อมแกรม (Gram staining) เพื่อแยกแยะชนิดของแบคทีเรีย ทำหน้าที่เป็นสารต้านเชื้อราและต้านปรสิตในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ โดยเฉพาะสำหรับการรักษาปลาและไข่ปลา ใช้ในสูตรหมึกบางชนิดสำหรับการเขียนและพิมพ์ ใช้ในฮิสโตโลจีสำหรับย้อมตัวอย่างเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์สีและเป็นตัวบ่งชี้ pH ในวิธีวิเคราะห์บางอย่าง ในบางกรณี คริสตัลไวโอเลตถูกใช้เป็นสารต้านเชื้อแบคทีเรียและเชื้อราในยาแผนโบราณ แต่ต้องใช้อย่างระมัดระวังเนื่องจากอาจเป็นพิษหากดูดซึมเข้าร่างกายในปริมาณมาก