ไซโคลเพนทาโนนถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการผลิตส่วนผสมที่ใช้งานได้หลากหลายในยา รวมถึงยาต้านการอักเสบและยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างวงแหวนของมันทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์สารประกอบวงและผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ

ในอุตสาหกรรมน้ำหอม ไซโคลเพนทาโนนถูกใช้ในการผลิตสารประกอบกลิ่นคล้ายมัสก์ เนื่องจากความสามารถในการสร้างคีโตนวงที่เสถียรซึ่งมีส่วนช่วยในการกลิ่นที่ยาวนานในน้ำหอมและเครื่องสำอาง

นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์และเรซิน โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับโมโนเมอร์ที่ใช้ในวัสดุพิเศษ นอกจากนี้ ไซโคลเพนทาโนนยังถูกใช้ในการพัฒนาสีและเม็ดสี ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรของสีและปฏิกิริยาในสูตรบางชนิด

เนื่องจากคุณสมบัติการตอบสนองและคุณสมบัติตัวทำละลาย มันถูกใช้เป็นครั้งคราวในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับปฏิกิริยาการสร้างวงและการควบแน่น โดยเฉพาะในการก่อตัวของวงห้าเหลี่ยมในโมเลกุลที่ซับซ้อน