ใช้คริสตัลไวโอเลตในด้านต่าง ๆ หลายประการ โดยเฉพาะในทางชีววิทยาและแพทย์ เป็นตัวย้อมที่นิยมใช้ในการย้อมแบคทีเรียในห้องปฏิบัติการ เช่น ใช้ในขั้นตอนการย้อมแกรม (Gram staining) เพื่อช่วยแยกแยะแบคทีเรียออกเป็นกลุ่มแกรมบวกและแกรมลบ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอและกระดาษเป็นสีย้อม เนื่องจากให้สีม่วงสดใสและติดดี ยังมีการใช้ในด้านการเกษตรเป็นสารฆ่าเชื้อราหรือป้องกันการติดเชื้อในปลา โดยเฉพาะในฟาร์มเลี้ยงปลา แต่ต้องใช้อย่างระมัดระวังเนื่องจากอาจเป็นพิษต่อสิ่งแวดล้อมและสัตว์น้ำหากใช้ในปริมาณมาก ในบางกรณี คริสตัลไวโอเลตถูกใช้เป็นสารบ่งชี้ในปฏิกิริยาเคมี เนื่องจากสามารถเปลี่ยนสีได้ตามสภาพแวดล้อมของสารละลาย