ใช้คริสตัลไวโอเลตในด้านต่าง ๆ หลายประการ โดยเฉพาะในทางการแพทย์และอุตสาหกรรม นิยมใช้เป็นสีย้อมในห้องปฏิบัติการทางจุลชีววิทยา เช่น การย้อมแบคทีเรียตามวิธีแกรม (Gram staining) ซึ่งช่วยแยกแยะชนิดของแบคทีเรียได้ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารต้านเชื้อจุลินทรีย์ในยาฆ่าเชื้อและยาทารักษาแผล โดยเฉพาะในการรักษาเชื้อราในปลาและสัตว์น้ำในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ในอุตสาหกรรม สีย้อมนี้ใช้ในการย้อมผ้า หนัง และกระดาษ รวมถึงใช้ในหมึกพิมพ์และดินสอสี อย่างไรก็ตาม คริสตัลไวโอเลตอาจมีพิษและมีศักยภาพเป็นสารก่อมะเร็ง จึงต้องใช้อย่างระมัดระวัง โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์ที่สัมผัสกับร่างกายมนุษย์โดยตรง