ใช้คริสตัลไวโอเลตในด้านต่าง ๆ หลายประการ โดยเฉพาะในห้องปฏิบัติการทางชีววิทยาและจุลชีววิทยา นิยมใช้เป็นสีย้อมในการย้อมแบคทีเรีย โดยเฉพาะในการย้อมแกรม (Gram staining) เพื่อช่วยแยกแยะชนิดของแบคทีเรียออกเป็นแกรมบวกและแกรมลบ ซึ่งมีความสำคัญต่อการวินิจฉัยโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ คริสตัลไวโอเลตยังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอและกระดาษเป็นสีแต่งแต้ม เนื่องจากให้สีม่วงสดใสและติดดี ยังมีการใช้ในยาแผนโบราณบางชนิดเพื่อรักษาแผลติดเชื้อหรือโรคเชื้อรา โดยเฉพาะในสัตว์น้ำ เช่น ปลา ที่ใช้คริสตัลไวโอเลตในการรักษาโรคเชื้อราหรือปรสิตผิวหนัง ในงานวิจัย คริสตัลไวโอเลตถูกใช้เป็นตัวติดตามหรือตัวบ่งชี้ในกระบวนการต่าง ๆ เช่น การศึกษาการดูดซับของวัสดุหรือการตรวจสอบการไหลของของเหลว เนื่องจากสามารถมองเห็นได้ง่ายและตรวจวัดได้ด้วยเครื่องมือวิเคราะห์