คริสตัลไวโอเลตเป็นสีย้อมประเภทไตรอาริลมีเทนที่ใช้เป็นสารแต่งสีม่วงสดใสในอุตสาหกรรมสิ่งทอ หมึกพิมพ์ และกระดาษ เนื่องจากมีสีเข้มข้นและละลายน้ำได้ดี ในด้านการแพทย์ ใช้เป็นยาฆ่าเชื้อสำหรับแผลติดเชื้อตื้น ๆ โดยเฉพาะกรณีเชื้อรา หรือแผลเปื่อย และนิยมใช้ในเด็กเพื่อรักษาโรคติดเชื้อราในช่องปาก (เช่น ปากเปื่อยจากเชื้อแคนดิดา) ภายใต้ชื่อสามัญว่า "เจนเทียนไวโอเลต"

ในห้องปฏิบัติการ คริสตัลไวโอเลตใช้เป็นสีย้อมสำหรับย้อมแบคทีเรีย โดยเฉพาะในวิธีการย้อมแกรม (Gram staining) ซึ่งช่วยแยกแยะแบคทีเรียเป็นกลุ่มแกรมบวกและแกรมลบ สำคัญต่อการวินิจฉัยและรักษาโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารต้านเชื้อราและปรสิตในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ เพื่อควบคุมการติดเชื้อในปลา

ยังนำไปใช้ในการพัฒนาสารบ่งชี้ pH และในกระบวนการอุตสาหกรรมสำหรับการติดตามสีและการควบคุมคุณภาพ อย่างไรก็ตาม คริสตัลไวโอเลตมีพิษและอาจก่อให้เกิดมะเร็งหากสัมผัสในระยะยาว จึงต้องใช้ด้วยความระมัดระวัง โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์ที่สัมผัสผิวหนังหรือใช้ทางการแพทย์