ใช้กรดไตรฟลูออโรอะซีติก (TFA) เป็นตัวทำละลายและตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์และโปรตีน เนื่องจากมันสามารถตัดกลุ่มป้องกันกรดอะมิโนได้อย่างมีประสิทธิภาพ เช่น การตัดกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ออกจากโครงสร้างเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในโครมาโทกราฟีแบบผูกพันกลับ (reversed-phase HPLC) เป็นสารเติมแต่งในเฟสเคลื่อนที่เพื่อช่วยเพิ่มความคมชัดของสัญญาณและปรับการแยกสาร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการวิเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนขนาดเล็ก ความเป็นกรดที่แรงและความสามารถในการละลายสารอินทรีย์ได้ดี ทำให้ TFA เป็นสารเคมีที่สำคัญในห้องปฏิบัติการวิจัยและอุตสาหกรรมยา