อินดิโกคาร์มีนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมในแขนงการแพทย์และการวินิจฉัยต่างๆ ในทางการแพทย์ มักใช้เป็นสารย้อมสีระหว่างการผ่าตัด โดยเฉพาะในศัลยศาสตร์ระบบทางเดินปัสสาวะและสูตินรีเวชศาสตร์ เพื่อช่วยให้เห็นโครงสร้างเช่นทางเดินปัสสาวะหรือตรวจหาการรั่วไหลในกระเพาะปัสสาวะ นอกจากนี้ยังใช้ในการทดสอบวินิจฉัย เช่น การทดสอบ Schirmer เพื่อประเมินการผลิตน้ำตาในจักษุวิทยา อินดิโกคาร์มีนยังทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้ pH ในห้องปฏิบัติการ โดยเปลี่ยนสีตอบสนองต่อความเป็นกรดหรือด่าง สีน้ำเงินสดใสของมันทำให้มีประโยชน์ในการย้อมสีเนื้อเยื่อและเซลล์ในกล้องจุลทรรศน์และฮิสโตโลจี ในบางกรณี ยังใช้ในอุตสาหกรรมอาหารและสิ่งทอเป็นสารให้สี แม้ว่าการประยุกต์ใช้หลักจะอยู่ในสาขาการแพทย์