คริสตัลไวโอเลตถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในสาขาชีววิทยาและการแพทย์ในฐานะสารย้อมสี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการย้อมสีแกรม (Gram staining) ซึ่งเป็นวิธีสำคัญในการจำแนกแบคทีเรียเป็นกลุ่มแกรมบวกและแกรมลบตามคุณสมบัติของผนังเซลล์ ในกระบวนการนี้ มันช่วยแยกแยะแบคทีเรียโดยการคงสีม่วงไว้ในสิ่งมีชีวิตแกรมบวก

ในด้านฮิสโตโลจี (histology) ใช้ย้อมสีตัวอย่างเนื้อเยื่อเพื่อให้สามารถมองเห็นโครงสร้างเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ ซึ่งช่วยในการศึกษารูปทรงเซลล์และการระบุความผิดปกติในตัวอย่างเนื้อเยื่อ

นอกจากนี้ คริสตัลไวโอเลตยังมี ứng dụng ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ โดยใช้เป็นสีย้อมสำหรับผ้า ให้สีม่วงเข้ม นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตหมึกและเป็นตัวบ่งชี้ pH โดยเปลี่ยนสีตามระดับความเป็นกรด-ด่าง

ในการวิจัย ใช้เป็นสารตัวอย่างในศึกษาการดูดซับและเคมีสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะการกำจัดสีย้อมจากน้ำเสีย คุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ยังนำไปใช้ในแอปพลิเคชันทางการแพทย์และสัตว์แพทย์บางอย่างเพื่อป้องกันการติดเชื้อ ในทางการแพทย์ ยังใช้เป็นสารฆ่าเชื้อและย้อมสีเพื่อตรวจสอบแบคทีเรียและเชื้อรา ในห้องปฏิบัติการทางจุลชีววิทยา ใช้เป็นสารย้อมสีในกระบวนการแกรมสเตนเพื่อแยกแยะชนิดของแบคทีเรีย ในด้านการศึกษา ใช้เป็นสารตัวอย่างในการทดลองทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาต่างๆ