คริสตัลไวโอเลตใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นสารย้อมสีทางชีวภาพในจุลชีววิทยาและฮิสโตโลจี เป็นส่วนประกอบสำคัญในขั้นตอนการย้อมสีแกรม ซึ่งช่วยแยกแยะแบคทีเรียเป็นกลุ่มแกรมบวกและแกรมลบตามคุณสมบัติของผนังเซลล์ สิ่งนี้ช่วยในการระบุและจำแนกสายพันธุ์ของแบคทีเรียในสถานพยาบาลและการวิจัย

นอกจากการย้อมสีแล้ว คริสตัลไวโอเลตยังถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอเป็นสีย้อมสำหรับย้อมผ้า โดยเฉพาะผ้าไหมและกระดาษ ให้สีม่วงเข้มและมีคุณสมบัติคงทนต่อการซีดจาง

สารนี้ยังใช้ในยาสัตว์เป็นยาฆ่าเชื้อและยาต้านเชื้อรา ใช้ทาบริเวณผิวหนังเพื่อรักษาการติดเชื้อผิวหนังเล็กน้อย แผล และการติดเชื้อราในสัตว์

นอกจากนี้ คริสตัลไวโอเลตถูกนำมาใช้ในกระบวนการบำบัดน้ำเพื่อยับยั้งการเจริญเติบโตของสาหร่ายและแบคทีเรียในหอระบายความร้อนและระบบน้ำอุตสาหกรรม คุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ช่วยรักษาคุณภาพน้ำและป้องกันการสะสมของสิ่งมีชีวิต

ในการวิจัย คริสตัลไวโอเลตใช้เป็นตัวบ่งชี้ pH โดยเปลี่ยนสีตามความเป็นกรดหรือด่าง ทำให้มีประโยชน์ในการทดลองในห้องปฏิบัติการและการวิเคราะห์ทางเคมี นอกจากนี้ ยังใช้ในการทดสอบการเพิ่มจำนวนเซลล์เพื่อศึกษาการเจริญเติบโตของเซลล์และเนื้อเยื่อ

อย่างไรก็ตาม ควรใช้คริสตัลไวโอเลตด้วยความระมัดระวังเนื่องจากอาจมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสุขภาพ