อินดิโก คาร์มีนถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมในแขนงการแพทย์และอุตสาหกรรมต่างๆ ในด้านการแพทย์ มักใช้เป็นสารช่วยวินิจฉัยในขั้นตอนการผ่าตัด โดยเฉพาะในยุโรวิทยาและสูตินรีเวชศาสตร์ ช่วยในการระบุตำแหน่งปากท่อไตโดยการย้อมปัสสาวะให้เป็นสีน้ำเงิน สนับสนุนให้ศัลยแพทย์มั่นใจในความสมบูรณ์ของระบบทางเดินปัสสาวะระหว่างการผ่าตัดที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังใช้ในขั้นตอนการส่องกล้องเพื่อเน้นความผิดปกติในระบบทางเดินอาหาร เช่น แผลในหรือติ่งเนื้อ โดยให้สีตัดกัน ในฮิสโทโลยี ใช้เป็นสารย้อมเพื่อแยกแยะเนื้อเยื่อภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกเหนือจากการแพทย์ อินดิโก คาร์มีนใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอสำหรับย้อมผ้า และในอุตสาหกรรมอาหารเป็นสารเติมแต่งสี แม้ว่าการใช้ในอาหารจะจำกัดเนื่องจากข้อจำกัดทางกฎระเบียบ สีน้ำเงินสดใสของมันยังทำให้เป็นตัวเลือกยอดนิยมในงานทดลองห้องปฏิบัติการและการสาธิตการศึกษาเพื่อแสดงปฏิกิริยาเคมีและกระบวนการแพร่กระจาย