ไพรีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะในด้านเคมีวิเคราะห์และชีววิทยาโมเลกุล เนื่องจากมีคุณสมบัติเรืองแสงที่โดดเด่น มันมักถูกใช้เป็นเครื่องหมายหรือสารตรวจสอบในการศึกษากระบวนการทางชีวภาพ เช่น การตรวจสอบปฏิกิริยาของเอนไซม์และการเคลื่อนที่ของโมเลกุลในเซลล์ นอกจากนี้ ไพรีนยังถูกนำไปใช้ในการศึกษามลพิษทางสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะการตรวจสอบการปนเปื้อนของสารพอลิไซคลิกอะโรมาติกไฮโดรคาร์บอน (PAHs) ในน้ำและดิน เนื่องจากไพรีนเป็นหนึ่งในสมาชิกของกลุ่ม PAHs ที่พบได้บ่อยในสิ่งแวดล้อม