พาซูฟลอกซาซินใช้หลักในการเป็นยาต้านแบคทีเรีย โดยมีประสิทธิภาพสูงต่อแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบหลากหลายสายพันธุ์ การประยุกต์ใช้หลักคือในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียต่างๆ รวมถึงการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ การติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ การติดเชื้อที่ผิวหนัง และการติดเชื้อในช่องท้อง มักให้ทางหลอดเลือดดำในสถานพยาบาลสำหรับการติดเชื้อรุนแรงที่ยาปฏิชีวนะรับประทานอาจไม่เพียงพอ พาซูฟลอกซาซินทำงานโดยยับยั้งเอนไซม์ DNA gyrase และ topoisomerase IV ของแบคทีเรีย ซึ่งจำเป็นสำหรับการจำลองและซ่อมแซม DNA ของแบคทีเรีย จากนั้นหยุดการเจริญเติบโตและการแพร่กระจายของแบคทีเรีย มีคุณค่าอย่างยิ่งในกรณีที่เกิดการดื้อยาปฏิชีวนะอื่นๆ โดยให้ทางเลือกในการรักษา