CNQX ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางประสาทวิทยาศาสตร์ในฐานะสารยับยั้งแบบเลือกสรรสำหรับตัวรับ AMPA ซึ่งมีความสำคัญต่อการส่งสัญญาณ synaptic อย่างรวดเร็วในระบบประสาทส่วนกลาง โดยการยับยั้งตัวรับเหล่านี้ CNQX ช่วยให้นักวิทยาศาสตร์ศึกษาบทบาทของตัวรับ AMPA ในกระบวนการทางระบบประสาทต่างๆ รวมถึง synaptic plasticity การเรียนรู้ และความจำ นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการทดลองเพื่อศึกษาความเป็นพิษต่อเซลล์ประสาท (excitotoxicity) ซึ่งเป็นกระบวนการที่กิจกรรมกลูตาเมตมากเกินไปนำไปสู่ความเสียหายของเซลล์ประสาท และเกี่ยวข้องกับภาวะเช่น โรคหลอดเลือดสมองและโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท นอกจากนี้ CNQX ยังถูกใช้ในการศึกษาทาง electrophysiology เพื่อแยกและวิเคราะห์ตัวรับกลูตาเมตประเภทอื่นๆ เช่น ตัวรับ NMDA โดยการยับยั้งกิจกรรมของตัวรับ AMPA อย่างเลือกสรร ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการทำความเข้าใจกลไกที่ซับซ้อนของการทำงานและความผิดปกติของสมอง