3-BODIPY-propanoylaminocaproic Acid N-hydroxysuccinimide ester ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในกระบวนการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน, เปปไทด์, และแอนติบอดี เนื่องจากกลุ่มเอสเตอร์ N-hydroxysuccinimide ที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งก่อให้เกิดพันธะอะไมด์ที่เสถียรกับอะมีนปฐมภูมิ และคุณสมบัติเรืองแสงที่แข็งแกร่งและความเสถียรสูงของ BODIPY fluorophore ทำให้สารนี้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการติดตามและศึกษากระบวนการทางชีวภาพในระดับโมเลกุล

นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเทคนิคการสร้างภาพ (imaging) การวิเคราะห์เซลล์ด้วยกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง (fluorescence microscopy) flow cytometry และ immunofluorescence assays เพื่อศึกษาการกระจายตัวและการเคลื่อนที่ของโมเลกุลเป้าหมายภายในเซลล์ทั้งเซลล์ที่มีชีวิตหรือเซลล์ที่ยึดติด รวมถึงการประยุกต์ใช้ในด้านการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อติดตามการดูดซึมและกระจายตัวของยาในระบบชีวภาพ โดยความทนทานต่อแสง (photostability) และการปล่อยแสงที่สว่างทำให้เหมาะสำหรับการศึกษาการสร้างภาพระยะยาว