ไอเซปามิซิน ซัลเฟตถูกใช้เป็นยาปฏิชีวนะในกลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ เพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียที่รุนแรง โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีภาวะติดเชื้อในกระแสเลือด ปอดบวม ติดเชื้อในช่องท้อง หรือติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ นอกจากนี้ยังใช้ในกรณีที่การติดเชื้อดื้อต่อยาปฏิชีวนะชนิดอื่น ๆ ยานี้มักถูกใช้ในโรงพยาบาลและต้องให้ผ่านการฉีดเข้าเส้นเลือดหรือกล้ามเนื้อภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิด เพื่อป้องกันผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เช่น ความเสียหายต่อไตหรือหู