อินโดลไมซินเป็นสารประกอบที่มีศักยภาพในการต้านเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียแกรมบวก เช่น Staphylococcus aureus ซึ่งเป็นสาเหตุของการติดเชื้อต่างๆ ในมนุษย์ การใช้งานหลักของอินโดลไมซินอยู่ในด้านการวิจัยทางการแพทย์และเภสัชวิทยา เพื่อศึกษากลไกการออกฤทธิ์และพัฒนายาต้านแบคทีเรียชนิดใหม่ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาถึงความเป็นไปได้ในการใช้อินโดลไมซินเพื่อต่อสู้กับเชื้อแบคทีเรียที่ดื้อยา ซึ่งเป็นปัญหาสำคัญในวงการสาธารณสุขในปัจจุบัน อย่างไรก็ตาม การใช้งานจริงในคลินิกยังอยู่ในขั้นตอนการวิจัยและพัฒนา