สารประกอบนี้ถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางที่ได้รับการป้องกันในการเตรียมยาและโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ กลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) ของมันทำหน้าที่เป็นส่วนป้องกันสำหรับกลุ่มฟังก์ชันอะมีน ซึ่งช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาเลือกเฉพาะส่วนอื่นๆ ของโมเลกุลได้โดยไม่ถูกรบกวน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งช่วยในการสร้างโซ่เปปไทด์แบบขั้นตอน นอกจากนี้ โครงสร้างไซโคลเฮกซานอลยังให้กรอบที่แข็งแรง ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบสารประกอบที่มีคุณสมบัติสเตอรีโอเคมีเฉพาะเจาะจง ผสมของไดแอสทีรีโอไอโซเมอร์สามารถแยกออกและนำไปใช้ในการสำรวจปฏิกิริยาเลือกสเตอรีโอ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนายาคีเรลและเคมีภัณฑ์ละเอียด