สารนี้ใช้เป็นตัวป้องกันหมู่ฟังก์ชัน (protecting group) ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์เปปไทด์หรือสารชีวโมเลกุลที่ซับซ้อน ซึ่งหมู่อะมีนและหมู่แอลกอฮอล์ที่มีอยู่ในโครงสร้างสามารถทำปฏิกิริยาได้หลายทาง สารนี้ช่วยป้องกันไม่ให้หมู่ฟังก์ชันเหล่านี้ทำปฏิกิริยาก่อนเวลาอันควร โดยเฉพาะหมู่ -OH ที่ถูกป้องกันด้วยกลุ่ม tert-butyldimethylsilyl (TBS) ซึ่งมีความเสถียรในสภาวะเบสและบางสภาวะกรดอ่อน ทำให้สามารถควบคุมลำดับการสร้างพันธะได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ โครงสร้างที่มีซิลิโคนและออกซิเจนหลายตำแหน่งยังช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อการจัดการปฏิกิริยาเคมีในขั้นตอนต่าง ๆ หลังจากสิ้นสุดขั้นตอนการสังเคราะห์ กลุ่มป้องกันสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเฉพาะ เช่น การใช้ฟลูออไรด์ไอออน (เช่น TBAF) เพื่อคืนสภาพหมู่แอลกอฮอล์เดิมโดยไม่กระทบต่อพันธะอื่น ๆ ในโมเลกุล โดยรวม สารนี้จึงมีบทบาทสำคัญในงานสังเคราะห์สารที่ต้องการความแม่นยำสูง เช่น ยา หรือสารชีวภาพที่มีโครงสร้างซับซ้อน