(S)-(-)-Piperazine-2-carboxylic acid dihydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบคีรอล (chiral compounds) มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (key intermediate) ในการผลิตยาต่างๆ รวมถึงยาที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด ลักษณะคีรอลของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure) ซึ่งจำเป็นต่อประสิทธิภาพและความปลอดภัยของยา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ โดยคุณสมบัติทางโครงสร้างช่วยในการทำให้เสถียรของโซ่เปปไทด์และเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีเพื่อตรวจสอบกลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาระหว่างตัวรับ (receptor interactions) ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกในการออกแบบยาและเป้าหมายการรักษา