N-Benzyloxycarbonyl-D-alaninol ถูกใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการเตรียมเปปไทด์และเปปไทโดมิมเมติกส์ มันทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ D-alaninol ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรในเส้นทางการสังเคราะห์ที่ซับซ้อน สารประกอบนี้มีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยเฉพาะในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวกระตุ้น/ตัวแอนตากอนิสต์ของตัวรับ กลุ่มป้องกันเบนซิล็อกซี่คาร์บอนิลสามารถถูกถอดออกได้อย่างง่ายดายภายใต้สภาวะอ่อนโยน ทำให้เป็นสารกลางที่ยืดหยุ่นในการสังเคราะห์หลายขั้นตอน นอกจากนี้ ยังมีการนำไปประยุกต์ใช้ในการศึกษาสเตอรีโอเคมีและการสังเคราะห์แบบคีรัล ซึ่งมีส่วนช่วยในการผลิตสารประกอบที่ทำงานด้วยแสง