สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมี เนื่องจากมีโครงสร้างที่คล้ายคลึงกับทริปโตเฟน ซึ่งเป็นกรดอะมิโนที่สำคัญ มักถูกใช้ในการศึกษาบทบาทของการแทนที่ด้วยฟลูออรีนในระบบชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการโต้ตอบกับเอนไซม์และการจับกับตัวรับ โครงสร้างอินโดลที่ถูกฟลูออรีนแทนที่ทำให้มีคุณค่าในการสำรวจเส้นทางเมแทบอลิซึมและการออกแบบอนุพันธ์ฟลูอออรีนของโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์เปปไทด์และยาใหม่ๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทหรือมะเร็ง ซึ่งการรวมฟลูออรีนสามารถเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพ คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เป็นตัวเลือกสำหรับการติดฉลากฟลูออเรสเซนต์ในงานถ่ายภาพและการวินิจฉัย