ใช้เป็นตัวกลางในงานสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการเตรียมเปปไทด์ชีวภาพที่ซับซ้อน รูปแบบที่ได้รับการป้องกันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่แบบเลือกเฉพาะ โดยไม่เกิดปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่ต้องการจากสายข้าง นิยมใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายับยั้งเอนไซม์และสารต้านจุลินทรีย์ ยังนำไปใช้ในงานศึกษากิจกรรมของโปรติเอส เนื่องจากมีความไวต่อการตัดด้วยเอนไซม์ กลุ่มเมทิลเอสเตอร์ช่วยเพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ในงานทดสอบทางชีวภาพ ทำให้มีประโยชน์ยิ่งขึ้นในงานวิจัยเซลล์และชีวเคมี